本作将活用NDS主机的机能，游戏画面通过NDS 的上下两屏幕表示，剧本也将由2部分组成，这也是本作叫做“W（double）”的原因。游戏中玩家即可以使用触控笔来操作，也可以使用十字键+按键的方式操作，而游戏的系统将基本沿袭《超级机器人大战J》的系统。