本作的舞台是有着广袤自然景色的“シンオウ地方”，主角居住在这里的一个叫做“フタバ镇”的小城市里。游戏的目标主要有两个，一个是收集当地的所有口袋妖怪，完成“口袋妖怪大图鉴”，还有一个则是培养口袋妖怪成为比赛冠军。游戏方式与之前相同，主角在冒险过程中收集口袋妖怪，并且培养其逐渐成长，之间会发生很多事件。主角使用被称为精灵球的道具，捕捉野生的口袋妖怪，捕捉到的妖怪可以作为伙伴一起冒险。

　　除了应用NDS的触摸屏特点外，《钻石·珍珠》最大的特点就是对应任天堂的Wi-Fi Connection网络服务。游戏中存在“Global Trade Station”（GTS），玩家可以通过好友口令登陆，与世界各地的朋友交换口袋妖怪或者进行对战。GTS的交换方法有两种，首先是设定交换的口袋妖怪条件，然后把想要交换的口袋妖怪寄存起来，当有网络上有符合实现设立条件的口袋妖怪想要和你交换时，就可以进行交换了。交换对象的居住地点会以高科技地球仪“GEO NET”上的点表示，玩家可以借此确认交换对象居住的地方。

　　在本作的“战斗塔”模式中，玩家将会与7名口袋妖怪训练员展开淘汰赛，漂亮地取得胜利后，还会出现超强的训练员。本作中除了单人战斗外，还有对应Wi-Fi Connection的“Wi-Fi Battle Room”，玩家可以与网络上的对手在其中比赛。这些Wi-Fi战斗室存在等级概念，连续取得胜利就可以进入排名更高的战斗室，而如果连续失败，排名将会降低。